瑞贝卡(伊娃·格林 Eva Green 饰)回到了童年生活过的临海小镇,在那里,住着一个她无论如何也要见到的人——儿时玩伴托马斯(马特·史密斯 Matt Smith 饰)。曾经的懵懂少年如今已经成长为男人,两人之间迅速的产生了奇妙的化学反应。没过多久,一场车祸夺走了托马斯的生命,悲痛欲绝的瑞贝卡做出了一个危险的决定——利用当代先进的基因克隆技术,复制托马斯的基因。十个月之后,一个名叫托马斯的婴儿呱呱坠地,作为生下他的母亲,瑞贝卡的心情十分复杂。
在托马斯的眼中,母亲是一个即神秘又极具魅力的女人,在她惊人的美貌里,隐藏着的是深深的哀愁和绝望,而她望向自己的眼神,也似乎包含了千言万语。纸终究包不住火,随着托马斯的渐渐长大,那个不能说的秘密也在逐渐的显影,待到真相被揭露的那一天,这两个痛苦的人该何去何从?。“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。两个家族、三个年代的三个故事,绵延600年的情感纠葛,前两次都是因为动荡的大时代原因,有情人只能天各一方,而到了当代,阴错阳差的已经结合在一起的有情人,却因为错误的家庭观念而险些再次分离,是寻根之旅,让当代人重新找回了失落的亲情,有情人终于幸福的在一起……。