天才科学家李斯坦再次来到了古代,来到了1646年(顺治三年),此时正值大明灭亡满清入关,满清灭亡明朝之后,他们相遇只因前世的一次回眸结局却是穿越时空的一次牵手。。阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场精彩的足球比赛,江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势,像是在挑衅毛利小五郎一般,路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个,那就是解读犯人留下的神秘暗号!
经过一番努力,毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语,成功拯救了无数人的生命。在此之后,警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人,嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人,他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时,躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击,前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来!。