十三陵一带的连年水灾给生活在那儿的农民带来深重的苦难。全国解放后,在共产党和毛主席的领导下,广大劳动人民团结一致,在1957年8月21日开始十三陵水库修建工程。以毛主席为首的中央首长都以普通劳动者的身份参加了水库的修建。在修建过程中,思想落后的工程师胡锦堂怀疑人民劳动的积极性和干劲,对建设工作拖后腿。但政委和广大劳动者众志成城,抵御了这种落后思想的侵袭,组成“青年突击队”、“老将军组”、“妇女原子突击队”等互相竞赛,努力奋斗。在经过了160个昼夜不停的劳动,克服了狂风暴雨等一切难以想象的困难,修成了十三陵水库。20年后,当年的建设者又回到水库,这里已变成五谷丰登、鸟语花香的人民公社。这里已经消灭了三大差别,上月球旅行都已习以为常了。。故事发生在虚构的未来世界,彼时,人类因为疏忽和大意而失去了制海权,海洋,成为了人们可望而不可即的所在,盘踞在那里的,是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争,一群名为“舰娘”的女孩子们出现了,在她们的体内,栖息着舰艇之魂,亦是明日呢化身成为各式各样的战舰,为了人类的和平做着不懈的努力。
平日里,舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练,某日,一位名叫吹雪(上坂堇 配音)的活泼女孩出现在了大家的面前,初来乍到的她踌躇满志,热情满满地加入了舰队的新生活中去,在这里,充满了精彩和刺激的日常就此展开。。经受住了在贾布罗的保卫战的地球联邦军顺势而为,为了攻占吉翁地球进攻军的根据地敖德萨,展开了大反抗作战。阿姆罗他们乘坐的白色基地为了接收作战前的最后补给向贝尔法斯特航行。 在这样的情况下,白色基地被下达了任务。无人岛,通称“不归之岛”的残敌扫荡任务。 阿姆罗等人开始搜索残留的间谍,在那里看到的是不可能存在的孩子们和一台扎古。在战斗中失去高达的阿姆罗,遇到了自称是库库鲁斯·多安的男人。 揭露了岛上的秘密的阿姆罗能否再次找到高达并平安逃脱…?。