故事发生在明朝末年,大将军戚继光和兵部尚书戚继宇联手组成戚家军,对胆敢侵犯国土的倭寇迎头痛击。倭寇首领大岛正雄和朝中司礼大太监童大宝(于承惠 饰)内外勾结,陷害戚继宇,导致戚家军解散,戚家遭到了满门抄斩,作为戚家唯一的后代,戚少正(吴京 饰)不得不踏上了逃亡的旅途。
少林寺方丈至一(王珏 饰)将戚少正收为徒弟,童大宝得知了戚少正的下落,火烧少林,至一为了保护戚少正不幸身亡。之后,戚少正带着至一的血书前往南少林投奔圆照方丈(徐向东 饰),并先后结识了小妮(法提麦·雅琦 饰)、红莲和华子等人。血气方刚的一行年轻人,打算凭借他们自己的力量,重建戚家军。。诸葛正我(马德钟 饰)、元十三限(欧锦棠 饰)和天依居(陈锦鸿 饰)是情同手足的同门师兄弟,其中,天依居自知无法在武学上有所造诣,所以退而求其次,开始研究起了奇门遁甲。而诸葛正我和元十三限都是习武的人才,两人水平不分高下,是师门中势均力敌的对手。
令元十三限感到遗憾的是,直到学成下山,他都未能够打败诸葛正我,因此对此格外执着,下山之后,元十三限选择隐居山林精进武艺,并将诸葛正我视为唯一的对手。而诸葛正我则投身于朝廷之中,为国效力。与此同时,一位名叫小静(佘诗曼 饰)的女子走进了两人的生活,令两人之间的矛盾再度升级。。