这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集,影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔,当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多(艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰),由巴托工业的老总巴托先生(约翰·盖兹 John Getz饰)抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动,表面上把马丁视如己出,实则却把他当作研究对象,暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程,让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气,无异于常人,除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久,马丁就与美丽的贝斯·洛根(达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰)坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒,等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。。法兰基(杰克•麦克艾尔 饰)随母亲莉兹(艾米莉•莫迪默 饰)与外婆搬到了苏格兰。九岁的他是个失聪儿童,聪明懂事,对父亲充满期待。他经常给船员父亲写信,还挂着父亲所在的船的航海图。可是他不知道,一切都是母亲的善意的谎言,虚构了父亲的一切,事实上他们到处搬家就是想要摆脱父亲残酷的家庭暴力。而每一封“父亲的回信”都是莉兹所写的,为了就是不让儿子难过。
法兰基得知父亲的船即将靠岸了,想见父亲一面。莉兹没想到真的有这样的一艘船存在又不忍心告诉儿子所有真相,只好在朋友的帮助下找了一名陌生男子(杰拉德•巴特勒 饰)假扮父亲,可爱的法兰基很讨他的喜欢。
他们三人相处愉快,正当“丈夫”要离开,莉兹告诉了他法兰基的失聪是因为真正丈夫的施暴。而他们之间也似乎有着若有似无的感情。
莉兹拒绝了即将逝世的丈夫戴维要见儿子的要求,不久她便告诉法兰基,父亲已经逝世了。莉兹又取得了儿子的信,原来聪明的法兰基已洞悉一切……。