故事发生在一年战争期间,正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达,在一次偶然的交火中,结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人,因为正属于敌对的两方,所以不得不互相战斗,在战争中苦苦维持自己的感情;另一方面,斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们,也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。。早在八百年前,人类的欲望催生出21枚核心硬币。凡是得到硬币的人,必将获得巨大的力量。2011年6月,德国图林根州,鸿上基金会的会长鸿上光生率领探险队深入图林根州某森林的腹地,经过不断地勘测和挖掘,终于找到了核心硬币的埋藏点,却无意间解开了尘封数百年的封印,而且也使森林和东京的新宿发生对调。伴随着巨大的变动,无数中世纪士兵从山洞中走出,展开残酷的杀戮。偶然路过附近的火野映司与泉信吾卷入混乱,与武士们展开战斗。在武士的身后,是有着强大能力的炼金师盖拉,她复活后发誓成为新世界的主宰——奥兹(OOO)。
混乱中,所有的人都被卷入德川八代将军吉宗所在的江户时代……。这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。然而游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”,游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制,“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景,体验者可选择其中之一进入,被淘汰会进入休眠状态,若最后无人走到终点,他们的大脑组织皆会被摧毁,此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街,那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪,他身上正有柯南要找的答案!而优作也在现实中对案件展开调查。。