舞台是近未来的日本,过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现,便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮,上面刻着神代文字“使用者 REIDEEN”。与此同时,巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……。春天的某日,柯南和小兰受服部平次和远山和叶的邀请,再一次来到大阪城观光。原本平平常常甚至有些无聊的行程,却因为三个少年的出现而变得乐趣横生。他们是江坂茧美、八木干彦和大泽健太,无论外貌还是长相都与远在东京的步美、光彦和元太极其相似。少年们找到平次,拜托他帮忙找出失踪的伙伴小智。柯南实在受不了平次安排的枯燥行程,于是答应了少年们的请求。众人经过一番推理,决定先从线索之一的大阪环线入手。平次在电车上无意中看到正在执行任务的大泷警官,而这似乎又与当天早上发生的抢劫信用社有关。小智的失踪事件、银行的抢劫案,它们彼此之间究竟有何关联?。