一场毫无征兆的现代战争一触即发,无数大兵、先进武器聚集一地,战事愈演愈烈,导弹在天空中呼啸而过,子弹像雨点般的肆意飞散,形成了一道不可逾越的战争火线,而这道火线恰好阻隔了一对母子。年轻貌美的母亲不顾一切、试图只身穿越火线,救出年幼的儿子,但无奈于敌方火力封锁严密,而且她心中的机器怪物也是万般阻隔,这个冒险之旅对于一个女人来说就像一场噩梦,幸有一队勇敢的大兵舍身保护,但她能否克服千难万险,打败心魔,营救出儿子……。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了!他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界,召唤出不同的像素怪人,通过城市破坏来搜集经验值,让像素霸主能够降临世间,统治世界!
为了守护地球安全,迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主!被称作“天才玩家”的人类男孩小凯,意外激活了超次元召唤器的真正力量!并且,凭借自身的强大能量和玩家经验,小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力,破解像素怪人作乱的招式,双方逐渐成为默契十足的搭档!
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中,一步步成长为更加优秀的战士,也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着,终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋!。