曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。。青鹿学院,曾经是魔兵大陆最荣耀的魔法学院,但是随着学院老院长驾鹤西游后,遭遇了一场劫难,被曾经的叛徒魔天雄带领着一批强者袭击,学院传承失去七、八,而且还丢失了镇院的“青鹿魔装”。自此,青鹿学院遭到其他学院欺压,越来越衰落,眼看学院处于危难之际,一个与青鹿学院极有缘的学徒李青鹿加入了学院,并扬言要带领青鹿学院重回顶级魔法院之列,替青鹿学院找回曾经的无上荣耀。各学院的天之骄子自然不会给李青鹿这样的机会,纷纷恃强凌弱,想要将李青鹿踩下,结果被李青鹿统统反踩,最终夺回被各学院分割的“青鹿魔装”。。