赛菲罗斯的事件已经过去2年了,人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍,但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德,却过着与世隔绝的生活。
但是,神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时,眼前这个人,只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。
以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前,文森特不得不再次挥动双枪,保护大家。而世界的英雄,克劳德,能否再次振作,守护这个世界呢?。真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一,《名侦探柯南 绯色的不在证明》以他为中心展开,揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性,以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中,赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”。之后,安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后,赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后,都有着柯南的身影。《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家,该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。。