时空背景设定在2509年,地球不只与USG石村号(USG Ishimura)和伊萨克.克拉克失去了联系,同时也与派去救援他们的USB欧班农号(USB OBannon)失联。欧班农号上有四名船员存活了下来,但是没有人知道其他成员的下落,也没有人知道他们遇上了什么事情,更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切,全都将透过《余波》来揭晓。战国时期,世外奇人鬼谷子有两个得意弟子——孙膑和庞涓。鬼谷子将失传的《孙子兵法》独传于孙膑。庞涓率魏国大军在方城与楚国军队相持不下,孙膑引用《孙子兵法》上的“上屋抽梯”之计,大败楚军。庞涓因此嫉妒孙膑的才能,用“笑里藏刀”之计栽赃孙膑,孙膑被处以膑刑。庞涓的谋士公孙阅为得到美女钟离秋,把庞涓的阴谋告诉了孙膑。孙膑“假痴不癫”,将抄录的兵法全部烧毁。钟离秋盼望孙膑不是真疯,向孙膑倾吐真情,孙膑仍疯癫不已,暗中监视孙膑的庞涓因此信以为真。钟离秋的姐姐钟离春得知孙膑装疯的真情后,只身来到孙膑的家乡齐国,请求齐国大将军田忌解救孙膑。田忌派门客禽滑前往魏国,孙膑在禽滑的帮助下,“金蝉脱壳”逃离魏国。。