E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。
而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……。16世纪,虹沙国(现在的缅甸)一路扩张征战,阿育达耶王国的国王昙的儿子纳黎萱被抓到虹沙国作为了人质。年少的纳黎萱被迫离开故土,纳黎萱在此期间结识了好朋友邦兴和少女玛妮仙,虹沙国王莽应龙大王将其视如己出,使其到寺庙跟随了德高望重的和尚学习和练武,在这里开始了新的生活,也和虹沙国未来的继承人的爱子结下了深仇。然而各个王国之间的战争并没有结束,虹沙国的国王依旧进行着新一轮的领土扩张,阿育达耶危在旦夕,最终虹沙国利用反间计彻底将阿育达耶纳入殖民地,纳黎萱的姐姐美貌出众,被迫与虹沙国国王结婚,虹沙国国王却表露真心,希望能够得到纳黎萱姐姐的爱意。然而纳黎萱并没有逃过大难,有人暗中刺杀纳黎萱王子,纳黎萱意识到此地不宜久留,不然命不久矣。于是计划和姐姐一并逃离回到阿育达耶。此时预言长者告诉虹沙国国王终有一天纳黎萱一定会王者归来,战胜虹沙国。纳黎萱的姐姐清楚的意识到国王不会就这么轻易放过纳黎萱,最终决定自己以身心换取纳黎萱自由之身,回到故土。纳黎萱方才能够踏上归途,然而途中遭遇刺杀,幸得平民以死相拼的守护,纳黎萱等人才能逃过一劫,并于1571年回到故土。。当他女朋友在野营旅行中没有踪迹之后,他很快就从目击者那里走到了怀疑之中。一年后,她回到了她被带走的地方,但却不是她以前那样。。