真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一,《名侦探柯南 绯色的不在证明》以他为中心展开,揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性,以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中,赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”。之后,安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后,赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后,都有着柯南的身影。《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家,该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。。這天熱鬧的西街廣場,年輕人們聚集在此享受夏日活力,小茴和夏天相約在此碰面,夏天陪著小茴要賣個網路虛擬寶物,意外的是,這次交易的對象竟然是學生中的惡霸---以孔龍為首的櫻野三小龍!夏天、阿將、方威、BULU,這四個從小在老西街一起長大的同學兼好朋友,見小茴有難,其他三人怎能坐視不管?於是跟孔龍起了衝突。
櫻野三小龍的小魏看孔龍不敵阿將四個人,機伶的求助孔議員,孔議員於是利用自己的私權,將整個事件擴大渲染,阿將跟孔龍的紛爭成了第二天報紙頭條--『西街惡少,持槍恐嚇』。
整件事情鬧得整個櫻野學院校園沸沸揚楊,校長在夏天的父親夏警官協助排解下,要求孔龍跟阿將和解,但是,此時孔議員的一通電話,要求校長把阿將、方威、Bulu退學,再度讓整個事件變得難以收拾!
孔議員的電話,變成校長不得不讓阿將他們退學的壓力;明天即將退休的夏警官,因為協助排解這個糾紛,意外地把自己的配槍掉在櫻野學院;校長提出只要阿將等人幫夏警官找到配槍,就不讓他們退學的條件,阿將會接受嗎?夏警官的槍又掉在哪裡呢?
一把遺失的警槍,幾個可能被宣判退學的學生,將在櫻野學院展開一段不可思議的故事!。