故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场,之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年,阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键,安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类,已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是,阿尼莫奈潜入Eureka Seven的内部——。。五超人在执行任务中,意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码,在调查过程中,超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题,踏上了寻找真相之路,五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来,五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石,并试图将超人改造成为自己的武器,从而称霸宇宙。超人们得知真相后,合力摧毁了五金公司,解决了宇宙的危机。。