美丽的混血女孩珀尔·查韦斯在父亲去世后,成为了父亲初恋情人的监护对象。然而,她被卷入了一场复杂的情感纠葛,在两个截然不同的兄弟之间挣扎:一个善良正直,另一个却叛逆邪恶。。一日,致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光,在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上,于是,3个飞天小女警诞生了!! 与此同时,那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢?……。