那五常名声大噪,被日军视为眼中钉。抗联独立大队不断受到日军侵扰,在政委李松年的带领下,那五常和抗联粉碎了日军的阴谋。日本军部派来新的驻军联队长前原,要完成丰满水电站的最终建设,为伪满的日本政权和企业提供电力。前原找来土匪马三胡子进行招工,抗联欲通过马三胡子的女儿马上花阻止其父。马上花看上五常,引发郭二双的情感争斗。李松年请来枪械高手贾天下、林梦青辅助那五常。贾天下被俘,前原把他放回,让抗联战士对其产生误会。保卫大坝战斗中林梦青牺牲,五常眼睛灼伤,二双欲牺牲自己救治那五常的行为使二人感情升温。如要炸毁大坝,须找到当年的日本设计师佐藤,那五常在政委带领下感化佐藤,将炸药放在大坝心脏位置。此时日本即将宣布投降,抗联接到命令要放弃炸坝并保卫大坝。五常和抗联战士最终完成任务,保住了水电站,下游的上百万亩良田和数千个村落终于安全了。。正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子(坂本真绫 配音)突然接到巴特(松田健一郎 配音)的报告,西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击,政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下,九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作,将恐怖分子彻底制服,但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时,远郊的水坝发生爆炸案。新滨县刑警陀古萨(新垣樽助 配音)传唤水坝管理企业负责人沙特博士,对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压,陀古萨没有得到任何有用信息。另一方面,草薙一方得知恐怖分子的真实身份,正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起,其背后隐藏怎样的真相?
本片根据士郎正宗的原作改编,为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。。