童话世界经历了怪物侵袭的危机之后,恢复风平浪静迎来了怪物和人类和平共处的新时代。其实真实的情况是,和平之下小打小闹也从未停止。因为怪物和人类和平共处的时代史无前例,双方都在碰撞中寻求平衡。诸如怪物体型庞大、声音扰民,或人类对怪物心存偏见的仇视情绪等等原因都会引发的两个族群的冲突。而这种时候,就是猪猪侠和他的小伙伴们出手的时刻了。猪猪侠所在的怪物研究社为了适应空前绝后的和平时期,也转变思路从研究社升级成了官方认证的怪物事务所。他们负责处理怪物与童话世界居民的矛盾,维持和谐有序的社会秩序。。1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。偶然机缘穿越于过去和未来、东方和西方的罗马帝国浴场设计师路西斯·慕德斯特(阿部宽 饰),将“扁脸族”日本人的汤文化移植到罗马浴场的设计中来,由此得到皇帝哈德良(市村正亲 饰)以及国民的热爱和推崇。哈德良致力建立一个和平祥和的帝国,但是元老院则煽动人民的好战情绪,通过角斗场的血腥杀戮激发百姓的嗜血情怀。忧心忡忡的路西斯临危受命,数次回到日本寻找灵感,为受伤疲惫的奴隶战士以及远征在外的帝国继承者凯欧尼乌斯(北村一辉 饰)设计疗伤的浴场,于是便和转为温泉杂志编辑的山越真实(上户彩 饰)再度相逢。狂怒的暴风雨即将到来,路西斯和真实的命运被紧紧系在了一起……
本片根据漫画家山崎麻里的同名原作改编。。