20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。。75年前,俄国的最后一个沙皇和他的全家被人谋杀了!75年以后,在莫斯科的一所私人精神病院里,一个大概40岁的男人,宣称自己是谋杀沙皇的凶手而且改变了整个俄罗斯的历史。为了不让这个精神病人的情绪更加高涨,为了阻止暴动,医院请来了一名名叫斯米诺夫的心里专家来给这名患者做思想工作。于是他幻想出了一幕凶手和沙皇的影像,目的是为了让这名患者知道事情的真相。可是在不知不觉中,这两个人却真正的陷...。