故事发生在大别山区的天门口镇。镇上有雪杭两大家族,但这两家却有世代冤仇。为给雪家抹黑,杭九枫(段奕宏 饰)私通雪家遭弃的儿媳阿彩(宋佳 饰),本来为寻私仇,但九枫竟被阿彩的刚烈性情所感染,两人迸发出真爱火花。不久,革命的风暴席卷而至,雪家日渐衰败,阿彩与九枫双双参加了红军,但此时的阿彩却拒绝了九枫,因几代的世仇恩怨还一时不能从阿彩脑海中完全抹去。连年的战争让他们历经了无数生死的考验,战火硝烟中,他们时有聚散,但都不提那件心知肚明的往事,只是内心默默守望着。一晃全国解放了,阿彩独自去了省城,九枫留在了镇上,因为这里有那些长眠于地下的战友们......。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。公司高管梅根成立了一个董事会,以改善她妹妹混乱的生活,并与一位心理学教授坠入爱河,后者发现了她强硬的举止。。