二零零九年的谢庄——一个几十年来平静如水的北方小山村,终于掀起了波澜:十多年来村支书、村委会主任一肩挑的谢士成将水泥厂赔付给村民们的占地费私下里借给了大圣公司的王家发,引发了村民们的强烈不满。镇书记刘春明的调查谈话竟使谢士成恼羞成怒并撂挑子不干。关键时刻,李远征主动请缨,回到家乡担任村官。。阿礼是香港的一个广告设计师,一天,他驱车外出办事,不料中途抛了锚。一名被追赶的劫匪突然钻进他的车里,慌乱中把抢来的装有珍贵项链的皮包丢在车内,而把阿礼的皮包拿走了。由于去失了设计图纸,阿礼被老板解雇。那条珍贵的项链是用恐龙骨制成的,香港富商傅格林本打算将这一稀世传家宝捐献给国家,不料却遭到抢劫。为此,他请来了私家侦探追查项链下落。与此同时,香港黑社会头子也启用了惯偷杜财,令其将项链找回来。丢了饭碗的阿礼四处寻职不成,欲一死了之,谁知自杀未成却结识了从深圳来港考察的女建筑师阿圆,不知不觉中,二人已互有情意。阿礼将项链送给了阿圆,并随阿圆一起来到深圳。私人侦探易公升和杜财也相继赶来,二人由尔虞我诈转而联合起来偷取项链。项链上精美的图腾古刻使阿圆和阿礼受到了启发,他们共同设计出一个古代与现代相结合的度假村,受到了领导的重视。傅格林应宏图建筑公司的邀请也来到了深圳,在公司的展览大厅内,意外地发现了失窃的项链。当阿圆准备将其送还失主时,项链却不翼而飞。杜财窃得了项链正在暗自得意,却发现自己早已被警察牢牢盯住,成了网中之鱼,他自知难逃,悄悄地将项链放到了阿圆婶婶的身上。这条价值连城的项链终于回到了傅格林的手中。。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。