故事发生在一架飞机上,一些性格迥异的人物在数小时内经历了一段不平凡的人生: Joe(林保怡饰)天生有未卜先知的能力,相信命运非人力所能改变。他为人神经质,每次乘飞机都会坐立不安。一次,飞机起飞后不久,Joe 即预见飞机会爆炸,然而没有人相信他,飞机上的一班乘客把他当作另类。 Ada(邵美琪饰)是空中小姐,聪明漂亮,相信自己的幸福可以靠自己来经营。另一名空中小姐Kimmy(郭羡妮饰)看似与Ada姐妹情深,却苦恋Ada。 但是,Ada撞破男友Patrick(唐文龙饰)与Kimmy的奸情,又遇上劫机事件,这一切叫她对自己的信念有所动摇。 正因那些各异的人生观,才有火花,引人注目。而机舱里的那些富人,穷人,恋人,小偷……人生观截然不同的男女,经历了一段生死之间的航程,叫他们的命运紧扣在一起……。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。