“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。故事发生在1820年的冬天,一条名为埃塞克斯号的捕鲸船航行在广袤的南太平洋,让所有船员们都没有想到的是,此时的海底,潜伏着一条拥有着高超智商和强烈的复仇意识的鲸鱼,正准备执行它的复仇计划。
很快,捕鲸船就遭到了鲸鱼三番五次的猛烈进攻,脆弱的船身在体型庞大的鲸鱼的撞击下很快就变得支离破碎,船员们伤亡惨重。包括大副欧文、船员尼克森、马修在内的一群幸存者们挤在小船上,在茫茫大海中漂泊了90天。在这90天里,人间地狱的景象在小船中轮番上演。。小狐狸下山附身皇后,以直率本性引得皇帝注意又厌恶。她智斗贵妃、化解饥荒,却陷入与皇帝和越王的感情漩涡。当旱灾与阴谋接踵而至,她不惜献祭修为求雨,暴露狐妖真身。皇帝最终以真心破谎言,携真爱并肩,终封她为一代祥瑞皇后。。