「思い出して、翅(はね)があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──! 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体! GO、アクエリオン!」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...。美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里,大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿,阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力,竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。
另一方面,真山爱上了花本老师的朋友理花小姐,而理花却深陷对逝世丈夫的怀念,难以自拔。和真山青梅竹马的山田,在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。
那个夏季,空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩,四叶草在风中摇曳,等待幸福的孩子们采摘。。