最后的战争爆发了,所有的人都死了,但机器继续忠实地服从命令。自动化机械基地开始给最后幸存的轰炸机加油并为其武器充能,准备用它来向毫无生机的敌方城市投下炸弹。直到人类最后的回声完全平息之前轰炸一直持续着。随后迎来了没有人类容身之地的新纪元。。文久三年。倒幕派击败了佐幕派,刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。 作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定,奔跑在雨中的山路。 刀剑男士在审神者的激励下,开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒,以守护“正确的历史”。 与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起,在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。 刀刃挥舞,刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵。