马茨是一名工作在商业船只上的潜艇领航员。一天,他接到上级通知,潜艇要全力配合三名美国军人完成任务。虽然对这三名军人的身份以及任务感到困惑,但马茨还是接受了指派。任务执行过程中,母舰发来消息称有人意外登船,马茨建议立刻上浮潜艇,与母舰保持联系。但队长雷德不仅切断了潜艇与母舰的联系,而且逼迫马茨与其一起完成任务。在马茨的逼问下,他终于得知真相。原来,雷德等人被安排寻找一架被安置在该海域的无人机,获取机上数据并将其炸毁。尽管马茨多次提醒三人潜艇十分老旧脆弱,不能承受爆炸的冲击,但雷德坚持引爆无人机。无人机爆炸后,潜艇受到严重冲击,船体受损,海水进入船舱,技术专家赫尔姆斯在爆炸中丧生。面对严峻的形势,队员帕克斯尤为焦躁不安,不听命令。无法统一逃生意见的三人发生了打斗,雷德失手杀死了帕克斯。随着水位越来越高,雷德和马茨决定穿着救生衣逃到水面寻求救援。但在打开舱门时,海水的压力使马茨直接死亡,最终只有雷德一人逃到海面。。吾妻玲二(入野自由 配音)本是一介普通的少年,一次偶然中,他被卷入了一起黑社会暗杀事件之中,作为目击证人,玲二被列入了“消抹名单”之中。组织内部的洗脑专家家塞斯(千叶一伸 配音)发现了玲二体内所隐藏的强大力量,如获至宝的他消除了玲二的记忆,取名Zwei,并致力将他培养成为新一代出色的杀人机器。
负责训练玲二的少女名叫Ein(高桓彩阳 配音),她同玲二一样没有过去的记忆。尽管Ein表面上冷静从容,但在内心里,她一直在逃避着同时作为“人”和“机器”这之间无法调节的矛盾。在和玲二相处的日子里,Ein的人性被重新唤醒,她意识到了自己危险的处境,不愿意再被人利用的Ein和玲二约定,两人决心逃出组织的掌控,重新回归自由的生活。。