在帕特里亚大陆诞生的民主主义国家“帕特里亚”。
在由于经济不平衡而导致分裂成“北部帕特里亚同盟”与“南部帕特里亚联合”的这个国家,持续着长年的内战。陷入了劣势的北部,为了战胜南部,终于用上了禁忌的技术。将人类改造成异形士兵的这个技术,以人类的模样为代价,获得与神媲美的力量。这个力量结束了长期的战乱,从此进入了和平年代。
“拟神兵”,这就是被誉为“神”的救国英雄。
时光流逝,战争已成为历史的现在,那些变成了“拟神兵”的人,因为那股庞大的力量,被人们称为“野兽”,为人们所惧怕蔑视着。
原拟神兵部队队长·汉克,化身为杀死堕落成“野兽”的“拟神兵”战友们的“猎兽者”在不断旅行着。寻找杀害了身为拟神兵父亲的仇人的少女夏尔与汉克相遇,为了找到父亲死亡的真相,决定与他一起旅行。而后得知,战争不得不持续的真正理由以及汉克正在寻找的“释放野兽的男子”这一存在。
将杀害伙伴的罪名背负于自身的“汉克”,他在不断持续的旅行中所抵达的终点到底是?。2125年,为了寻找新的能源(人口爆炸到一百来亿了),太阳系开发机构决定推进“木星太阳化计划”,定于2140年实现这一计划。驻扎在前线基地“米涅瓦”的计划主任本田英二(三浦友和)就在这时候与失去联系多年的恋人马利亚重逢了,但是他不知道的是,玛丽亚是旨在破坏这一计划的极端环保组织“木星教团”的破坏小组组长! 在宇宙语言学家威廉姆的帮助下,英二乘坐木星探查艇“JADE-III”探访了数万年前来访的宇宙人的飞船“木星之魂”。 另一方面,英二的朋友PILOT KING和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难,调查的结果,是遭遇黑洞所致!太阳系面临被黑洞吞噬的危机! 解决危机的方法只有一个,通过引爆木星来改变黑洞的轨道(剧组在这个问题上花了很大的精力,甚至动用了计算机做考证和计算工作)。英二与基地内人员一起为挽救太阳系而努力的时候,玛利亚带人杀进了基地。。。。。。