突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。幼年时的一场滑雪事故,令爱丽丝(阿尔芭·洛尔瓦彻 Alba Rohrwacher 饰)摔伤了腿,并且这伤痛将永久的伴随和改变她的一生。天才少年马蒂亚(卢卡·马里内力 Luca Marinelli 饰)在他友善纯洁的外表下掩藏了一个十分黑暗的秘密。他那智力发育不全的孪生妹妹带给他的并非怜惜或是责任感,正相反,他希望永永远远的丢开这个恼人的累赘,一天,他真的这么做了。
幼年的创伤带给孩子的有时是超越预期的打击,爱丽丝和马蒂亚这两个普通又特殊的人,他们带着创伤长大,成熟。他们就像数列里的质数,冰冷、孤独、坚硬,渴望着同类的出现和靠近,却又无法自持的要去彼此伤害。他们相遇,相爱,相互折磨然后分离去寻找各自的伴侣,但命运又注定他们无法分开。在这个秋天,这两个质数一般的男女,他们能否相互拯救,又或者,等待着他们的,是共赴隐藏在黑暗中的寂灭。。