影片讲述了1970年代,一只名叫尼姆的黑猩猩被像人类一样养育,通过学习手语掌握了交流能力的故事。虽然这项实验未能按计划持续进行,但人类的行为已经给尼姆带来了不可逆转的改变。。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。由于委托很少,毛利侦探事务所门可罗雀,小兰不得不精打细算,小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日,小五郎收到一件神秘包裹,却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时,一通神秘电话打入事务所,柯南接听,却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心,而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似,于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去,终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓,得知警方已经先行到达,不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何?。