《超蛙战士》以科学技术达到一定高度之后,此时的地球已经不再适合人类生存为故事背景。人类在宇宙中寻找可以居住的星球和可以利用的资源,为了适应环境而对自身进行了物种基因改造处理。经历了漫长的岁月,人类的身体、面孔被不断地修复、改造而发生了变异。在遥远的MALO星系中,有这样的一群人类后裔,他们自称为“蛙人”,故事由此展开。。在经历了上一次的恐怖袭击之后,由于政府对CTU应对恐怖事件的解决方式不太满意,还是最终决定解散CTU。杰克·鲍尔(基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰)也因使用酷刑等非法手段来防止恐怖袭击,而受到审查。原本以为自己终将在监狱里度过余生,却因死而复生的前同事托尼(卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰)的出现,彻底打乱了杰克现有的生活。托尼希望杰克能与他一起,共同调查又一次在美国大路上展开的恐怖袭击。而随着调查的不断深入,杰克觉得身边的托尼越来越琢磨不透。杰克一直觉得托尼有什么事情没有对他说明白。由于新总统对杰克的信任,所以他们的调查之路虽然危机重重,但是开展得还算顺利。不过,最后杰克终于发现这次恐怖袭击的幕后策划者,原来是一直与他并肩作战的朋友托尼……。生物学家胡朔为救基因缺陷的儿子,研究用蚂蚁基因改善人类基因,却遭所有人否定,妻子刘幸之也离他而去。黄锦雄因病资助研究,参观实验室时蚁后逃走变异,带领蚁群攻击众人,胡朔和黄锦雄身体也开始蚁化。最终,刘幸之封锁引爆实验室,阻止了浩劫。。