一年前,私家侦探鸣海庄吉和他的弟子左翔太郎从神秘组织中解救出了一位少年。在逃亡过程中,庄吉中枪倒下了,剩下的两人走投无路……2009年秋天,在每个角落都有风车转动的城市——风都,翔太郎继承庄吉的衣钵经营着侦探事务所。庄吉的女儿鸣海亚树子来到翔太郎和一年前得救的少年菲利普面前,让他们马上离开。在与翔太郎纠缠的时候,亚树子得知了风都有怪人“掺杂体”作乱,而她也渐渐地被牵扯进了守卫风都的战斗中……。瞎眼的小提琴家艾玛获赠眼角膜后恢复视力,但首先看到的却是一宗谋杀案。由于她只能看到一些扭曲不清的映象,故警方对她的证词感到怀疑,甚至认为那是她在童年遭母亲虐待而产生的幻觉。但年轻的刑警约翰对艾玛提供的线索锲而不舍地追查,结果有出人意料的发现。。昭和38年,西日本仓岛市两支暴力组织——大原组和川手组斗争不断,当地警方和政界与黑道多有瓜葛,故抗争形势复杂多变。
仓岛警署警官久能德松(菅原文太 饰)与大原组干部广谷贤次(松方弘树 饰)私交甚厚,两人借突击搜查之名摧毁川手组土地收购计划,此举更是激化两派矛盾。与川手组暗通款曲的县高层调来公正严明的警官海田(梅宫辰夫 饰)镇压大原组,并调查久能与黑道的关系。出狱的大原组组长(远藤太津朗 饰)迫于压力宣布解散组织,广谷无处藏身,困兽犹斗。经劝说后的久能屈服于海田,最终射杀了意图攻击海田的广谷。
多年后的事实证明,所谓的正义,不过也是丑恶阴谋的一部分……。