具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了!他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界,召唤出不同的像素怪人,通过城市破坏来搜集经验值,让像素霸主能够降临世间,统治世界!
为了守护地球安全,迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主!被称作“天才玩家”的人类男孩小凯,意外激活了超次元召唤器的真正力量!并且,凭借自身的强大能量和玩家经验,小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力,破解像素怪人作乱的招式,双方逐渐成为默契十足的搭档!
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中,一步步成长为更加优秀的战士,也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着,终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋!。ネオ・トーキョー・シティーのベイエリアに世界最高の高さを誇る「ネオ・トーキョー・タワー」が完成した。大展望室では落成セレモニーが行われ、また地上では見物客で賑わうパレードが繰り広げられていた。そんな賑わいの中、突如として羽虫型爆弾メカが大量に現れ人々を襲い始め、同時にテロ集団「暁の陽炎」が現れて、知事を含むパーティー客たちを人質に展望室に立てこもった。彼らの要求、「服役中の同志の解放」「活動資金」「逃走用VTOL」が満たされなければ人質の命はない。タイムリミットはたったの2時間。ポリスタウンの長官はマキに≪WARRIOR≫の出動を要請する。利緒、真弥、ユージ、リリカ、ナンベルのメンバーは現場へ向かうが、一方で人質の中に紛れ込む謎の女「ルビー」は、騒動を利用して密かに「計画」を進めていた。。