《神奇的美人鱼》是一部充满奇幻冒险与成长故事的动画片。故事围绕人鱼公主美琳达展开,她发现守护人鱼王国的海神珠魔力即将耗尽,而国王为了维持珍珠能量不断消耗自身生命。为了拯救王国,美琳达与好友妮丽莎和莎莎踏上寻找新珍珠的冒险之旅。她们穿越传送门来到人类世界,遭遇了海怪的袭击,地图被抢走,三人也被冲散。在人类世界,美琳达被姐弟希丽亚和泰勒救起,误将海洋救援中心当作海盗基地引发一系列误会。通过科技天才弗雷德的帮助,美琳达修复了通讯手环,但也暴露了自己的人鱼身份。与此同时,妮丽莎和莎莎误闯海盗主题公园,与滑板少年亨特结识并逐步接近海怪巢穴。美琳达团队以交换生身份潜入海盗湾高中,发现学校地下室与海怪活动的关联,并在一次激战中找到母亲失踪前佩戴的三叉戟戒指残片,揭开守护秘密。在后续的冒险中,美琳达与伙伴们不断成长,她们通过魔法特训掌握新技能,与海怪展开多次激战。她们在游乐园中遭遇危机,发现巴罗萨已掌握珍珠情报;在救援中心面临强拆时,美琳达联合人鱼战士亚历克斯共同抗敌,并在沉船中找到古代宝藏解决财务危机。团队还潜入休眠火山寻找最后两颗珍珠,最终美琳达集齐五颗珍珠激活三叉戟。回到人鱼王国后,美琳达与母后克雷丽娅重逢,却发现母后其实是深海女巫坦佩斯塔伪装的假王后。在一场激烈的战斗中,美琳达与伙伴们觉醒团队力量,救下父王并揭穿阴谋。在陆地上遭遇巴罗萨突袭后,美琳达在神秘虎鲸将军的指导下觉醒三叉戟的终极形态。最终,美琳达带领团队分头突袭海盗基地,成功封印巴罗萨,拯救了人鱼王国。。福(欧阳震华 饰)、禄(张世 饰)、寿(李铭顺 饰)三个神仙,因为能够给人间带来喜庆祥和之气,因此深受凡人爱戴和追捧,人们给他们设立了庙堂,每日好吃好喝的供奉着,让因此受到冷落的财神和灶神心中很是愤愤不平。
三神春风得意行为举止愈发没有顾忌,最终闯下大祸,惹得玉帝(寇振海 饰)勃然大怒,开除了他们的神籍,贬入凡间。不仅如此,在玉帝的安排下,他们即将面对的是注定坎坷曲折的人生历程。福禄寿三星的消失让曾被他们压制的瘟神找到了东山再起的机会,一时间人间大乱,灾祸横行。善良的张果老(徐峥 饰)不忍看到此番景象,说服了麻姑(范文芳 饰)下凡协助三人。。做事一向理性的水利工程师沃尔特·费伯(山姆·夏普德 Sam Shepard 饰)搭乘的飞机中途失事,被迫降落在墨西哥的沙漠之中。然而在获救之后,沃尔特却一反常态地决定,与素不相识的德国商人去墨西哥丛林寻找多年都未曾连络过的朋友。当他们来到朋友的住处时,发现朋友已经自杀身亡。
沃尔特的第二段旅程开始在渡轮之上。年过中旬的沃尔特邂逅了妩媚的年轻女孩赛贝斯(朱莉·德尔佩 Julie Delpy 饰)。钟情于艺术的赛贝斯与专长于科学技术的沃尔特,看似是两个世界的人,然而一段不可控制的情愫在二人之间渐渐蔓延,相约同去欧洲南部旅行。在无意间,沃尔特得知赛贝斯正是自己年轻时女友汉娜(芭芭拉·苏科瓦 Barbara Sukowa 饰)之女。惊讶之余,沃尔特不得不怀疑她就是自己的亲生女儿。。