故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始,深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格,行為奇異,究竟宮下是否這些死亡事件的主谋? 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神,還是正義的使者?。居住在踯躅台的高中1年级学生响裕太,某天醒来后失去了记忆。之后,裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent Gridman”相遇了。
Gridman告诉裕太“去完成使命”,而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑,裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而,平稳的日子被突然现身的怪兽轻易地踏碎……。