“东京决战”一年后,布里塔尼亚少年鲁路修在11区(原日本国)过着平凡的学生生活。但是,鲁路修与弟弟罗洛的一次出行,遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后,尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。
身为帝国王子的鲁路修,为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界,而使用GEASS,令人绝对服从的力量,带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他,却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败,被帝国皇帝抹去了记忆。
现在,恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量,更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患,鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。。一位善良的拾荒老人马老汉,在路上偶遇昏迷在路边的遇难男孩,便将他带回家中收养。男孩是马老汉收养的第三十六名孤儿,即取名马三十六。一天大雨,马三十六因一个意外,不慎被雷电击中,昏迷中,马三十六找回了他消失的记忆,原来自己是快乐星球被研发出来的唯一的类机器人。Q博士摧毁了快乐星球,自己是唯一逃脱的幸存者,Q博士一直在寻找他,想要把他彻底除掉。同时,Q博士又试图主宰地球。马三十六为了拯救快乐星球,保护地球人,与Q博士开始了一段勇气与智慧并存的战斗......。