卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。随着科技的发展,人类发明了能侦察人的脑电波的“聪明”的机器人――“先知”。“先知”能侦察出人的犯罪企图,所以在罪犯犯罪之前,就已经被犯罪预防组织的警察逮捕并获刑。
乔恩就是犯罪预防组织的一个主管。在一次通过“先知”成功阻止了一起因外遇引起的双人命案之后,乔恩隐约感到了这一套完美的预防犯罪系统中隐含的秘密,那就是少数派报告。原来,共有三个“先知”一起判定一个人是否有杀人企图。当出现分歧时,按少数服从多数原则定案,但最后若证明少数那一方是正确的话,则会秘密保存一份少数派报告。
乔恩一觉醒来,突然发现自己已是昔日同事的抓捕对象。乔恩唯一的出路就是找到能证明自己清白的那份少数派报告……。