还是中学生的Chul-soo(郑雄仁 饰)和 Ae-lang(蔡敏瑞 饰)初尝禁果,就结下了果实。还是孩子的Chul-soo在不知情的情况下,于一年后在学校意外被收到了一个男婴,而这就是他的孩子。起初接受不了这个事实的Chul-soo想要找Ae-lang问个明白,可是她却已一走了之。无奈之下,Chul-soo开始了和儿子Cho-won(俞承豪 饰)的父子生活,从起初的艰辛到后来的血浓于水,父子二人于平淡中快乐的生活着。
九年过去,Chul-soo成为了一家夜总会的主持人,而Cho-won更可谓是在夜总会长大,俨然一个小大人。这时,从外国回来的Ae-lang在意外的情况下,和父子二人见面。一切似乎又回到九年前,戛然而止的曾经的恋人因为误会和时间被分开,而再度的重逢能否将这段感情挽回,而这得靠他们古灵精怪的儿子Cho-won来帮忙。。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。当马克被迫面对自己的过去和未来时,一切都发生了变化,同时他发现还需要走多远才能保护他所爱的人。。