16世纪末4月的一天,暴雨浸淫下的京都,某座并不起眼的宅邸内,一代名流的人生正走向尽头。房屋的主人乃是举世尊奉的茶道宗师千利休(市川海老藏 饰),遥想当年,他在战国乱世得到了织田信长(伊势谷友介 饰)的赏识,并曾以其影响力救助了命悬一线的羽柴秀吉(大森南朋 饰)。英雄霸业烟消云散,秀吉成为新一代枭雄,却渐渐不满利休那种对美毫不妥协的追求以及对强权的漠然蔑视。本不该有交集的二人,裂痕愈来愈大,这似乎也注定了利休的悲剧。
生命将逝,在妻子宗恩(中谷美纪 饰)的陪伴和问询下,利休回忆起往昔的岁月,以及年轻时代那段令他刻骨铭心并左右命运的恋事……。明治十年,剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨,甫至此地,便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端,且因此结识了正直的武士时雨泷魁,他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安,诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者,明治以前,他曾是佐幕派彰义队的领袖之一,其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下,而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人,让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面,野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……。