前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价,终于打败了恐龙帝国,但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。作品的故事设定在现今的21世纪,猫神茧与普通人类柚子一起生活。柚子的父母因为意外生亡,所以柚子从小便一人继承了古董店“八百万堂”。而在这寄居的茧,虽然是负责守护被遗忘的万物和记忆的神明,但在作品中只是一个只顾吃、喝、玩及睡的猫神。在作品中,除了茧外,也将会有很多很多不同的各式神明陆续登场,热热闹闹地交织出一部轻松的喜剧。。