故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。
当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。
随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。。两个月前,美国一艘深海潜水艇在运送超级军事物品时,军方收到一阵勐然攻击及船员惨叫声后,潜艇无故失踪…一段时间后,潜艇于距离加州海岸60英理被发现,为了搜回失去的货物及查出事发原因,政府派出荣恩博士及精锐女金刚进入潜水艇…方发现大部分船员无故被杀,只剩下一位半疯癫的幸存者,在哭诉船员被不明怪兽厮杀的故事,直至众人真的被怪魔袭击,才发现美国军方准备大量繁殖巴比伦神话中的恐怖毒蝎,作为生物武器的真相…无数的毒蝎令人心寒,一场空前绝后的生死火拚现正展开。。