2020年,网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是,人类所不知道的是,在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界,以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障,乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中,去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹,太一急忙赶往涩谷,当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象,太一去了数码世界!孩子们与搭档数码兽相遇,一同面对未知的“冒险”!。第二波“净化”开始了,石丸、樱井、岸、甲斐、李等日本政商界要人们按照名单顺序逐个被杀。然而,日本政府坚决贯彻不屈服于恐怖分子的态度。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防部,还有亚人管理委员会官员户崎和高中生亚人永井圭,都在暗中潜伏着。亚人过激派集团也终于开始行动了。史上最恶最凶的恐怖分子佐藤的真正目的是什么?阻止佐藤的又会是谁?。