本作は、主人公の女子高校生・谷田純が改ざんされた歴史を修正するため過去にさかのぼり、暗号を解き明かしていくさまを追うSFコメディ。西暦2520年、正体不明のサイバーテロリストが歴史をハッキングしたことで、かつての偉人たちは歴史上から抹殺され、現代では世界を巻き込んだ大戦が勃発してしまう。過去のバグを修正し歴史を元通りにするため、純と同級生・江畑は過去にタイムリープし、バグである「暗号=謎」の解読を試みる。。传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。
然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印!随后,能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了!
赛高古实力超群,在它强力的攻击下,艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗?
为了阻止赛高古,吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。
在千钧一发之际,玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。
初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场!
随后,吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团,激战就此展开。。