应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。影片开始是纪录片风格的打斗场面:一群蝎子跟老鼠对抗;接着呈现出游击队跟主教军的斗争;贯串全片多是违反一般常规的视觉形象,而自由的程度也大得惊人 :发怒的蝎子、维苏威火山喷出的熔岩和带有纪录性的场面;极端超现实场面、标新立异的场面交替出现:如一头母牛躺在一个年轻女孩的床上;基督变成了性虐待狂患者;作父亲的毫无感觉地开枪射杀自己的小孩,当仆人房舍起火,他却置之不理,甚至一辆牛车穿入房间,他也视若无睹;爱人们朝夕渴望相聚,但见面后却感到无所适从,只有进行集体损毁,将犁耙、长颈鹿、圣诞树焚烧;两个主教从楼上被仍了下来。更有甚者,一对爱人的眼睛被挤出,手被咬掉,在一条狭窄街道的碎石上翻滚着,同时可以听见艾吕声音唱到“爱情,爱情,爱情呀!”一种近乎神秘的爱情概念作为一种可以改变一切的,可以为人们赎罪的东西……。但黑老大总有栽的那一天,高帝入狱,接受庭审。“超级粉丝”托马斯(文森特·皮亚扎饰)想做点什么,改变判决结果。但是,在他凭自己的一腔热情努力做事时,障碍重重,更重要的是,他遭到了自己最崇拜的“偶像”的拒绝。之后,他和一个邻居的女流氓(帕特丽夏·阿奎特饰)结伙……。