很久以前,在维多利亚岛上有一棵维护世界和平和秩序的世界树,但是邪恶组织“扎塔团”打算据为己有,此时以人族为中心(阿鲁的父亲格兰迪),以及其它4部族都站起来反抗。
但是,扎塔团的猛烈进攻使得岛民们迎来了最大的危机。世界树为了保护身体而自己破裂,此刻放出了像凤仙花一样的种子。各族的部分居民从维多利亚岛移居到了枫之岛。但是,其他部族都怀疑世界树的破坏与人类有关,于是人族被赶走了。而且各部族之间的斗争也不断。
那是10年前的事了。而现在,以阿鲁为中心,大家开始了寻找世界树之种,并让世界树复活的旅行。而扎塔团也再次盯上了他们。。时值大正十二年,东京的夜晚,那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中,啜饮人类鲜血的吸血鬼,在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们,通称「零机关」。 这个部队是中岛中将为了对抗近代化列强诸国的情报战而创设,但眼下零机关的任务,是对应暗藏在东京的吸血鬼事件。被分配到此项工作的是──最强人类的前田义信大佐,国内等级最高的吸血鬼且机关新人栗栖秀太郎,智力是规格外的山上德一,从江户时代就存在至今的须和(暂译,原文スワ),喜爱未衰老大脑的疯狂科学家竹内(暂译,原文タケウチ)。 ──以上,是零机关实行部队的成员。 不断增加的吸血鬼们,暗中行动的影子,神秘人工血液的存在,冷眼静观这些事态的是,虽然年龄超过300岁,外表却与小孩无异的S等级吸血鬼戴夫罗特(暂译,原文デフロット)。 零机关今日,穿梭于大正浪漫的夜晚之中。。在这部故作惊悚的悬疑喜剧中,一系列怪事迫使博耶加、福克斯和帕里士结成令人意外的三人组,追查政府的邪恶阴谋。。