在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。一九九五年,广东发生一起大型武装劫钞案,一辆银行运钞车被五名持枪匪徒抢劫,损失高达一千五百万,三名押钞员更在事件中丧生。事件震惊全国,公安局马上成立专案组,以王守月和何蓝为首的刑警迅速搜证,成功掌握五名抢匪去向并逐一拘捕。叫人意外的是,抢匪供出案件背后的真正策划者,竟是一家建筑公司的老板陈信文及其堂弟陈欣年。
陈信文和陈欣年功败垂成,踏上逃亡之路,从此人间蒸发。时间一晃二十一年,当年的案件早已淡出大众的视野,王守月也从公安局退休。然而,一条寻常不过的视频上出现的一个模糊身影,却让他重燃破案的希望。王守月只身前往边境城市,寻找视频中的“陌生人”。最后的正邪对决,在二十一年后正式展开。。