距圣诞节仅有8天时间,SOS团在凉宫春日的号召下,不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨,阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……。囚犯保罗逃出监狱,要警官亚历克斯帮他找出杀害其妻子杰西卡的凶手,杰西卡曾是特里贝克公司的技术总监。亚历克斯和塞米尔随着保罗的行动而对特里贝克公司展开了调查,最终发现里贝克公司老板施特里贝克收买了激进组织康特拉的头目特斯拉,利用他们制造混乱为自己公司的发展扫清道路。。