影片背景设置在11世纪的波斯,一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份,加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他的老师名叫阿维森纳,是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种,最著名的有《哲学、科学大全》,在当时是高水平的百科全书;另一部 巨著是《医典》,直到17世纪西方国家还视为医学经典,至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构,展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。。故事开始于1937年的北平,纷飞的战火之中,童话和古城出生了。童话是自小被养在深闺之中的王府大小姐,不知道一墙之隔的外部世界正在发生怎样翻天覆地的变化。古城则早早失去了父母,独自伶仃飘摇,历尽人情冷暖,是个彻头彻尾的野孩子。
命运让童话和古城相遇了,两人虽然个性迥异,但却相互吸引。古城父母的革命战友洛秋找到了古城,收养了他,古城开始和洛秋的儿子洛栓子生活在同一屋檐下。之后,洛秋将古城送进了学校,在学校里,古城结交了王小勇,巧合的是,王小勇的父母和古城的父母,亦是旧相识。。