当太阳西下,就是另一个世界苏醒之时。影片将透过全新科技,以崭新视角认识地球,探索夜晚少为人知的瑰丽景色,以及动物在夜间的百样面貌。。少年尤斯图斯的父母都是研究自然与环境的科学家,常年奔波在外,后来在一次考察中不幸遇难,留下的唯一遗物就是一盘他们临死前录制的录像带,指明事情跟一座诡异的城堡有关。为了查明事情的真相,尤斯图斯和他的两个小伙伴耗子成立了一个侦探组织,利用尤斯图斯在一次比赛中得到的奖金,开始了他们的探险之旅,在破解父母留下的暗示后,终于找到了这座神秘的城堡,随后在这里遇到了许多诡异的人和诡异的事情。。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。