校园课外活动在合唱团小伙伴的努力下终于恢复,校董植念却又有了新的计谋,她一手促成了诸多社团为刷票陷入混战的局面。为了统一管理学生,她还发明了“智能手环”企图控制学生校园生活的方方面面…… 孩子们成长的烦恼也慢慢显现:周沫因自己女孩子般的嗓音和胖胖体型而自卑;高诗远无法定义自己对孙天圣莫名的情愫;格桑急需大笔奖学金,无奈转学光明中学;艾晓欣和三个不知名女子混迹在一起不愿意被其他小伙伴知道;一张没有名字的癌症化验单让大家感受到死亡的概念并且陷入恐惧……。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。