延续前一集的剧情,狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。。当一群阿富汗的军人追捕恐怖份子途中 进入了一个迷宫似的洞穴 在这个洞穴底下有著完全不同的景观, 可怕的是一群基因突变的蝙蝠开始狂噬人肉!。