创圣纪0011年的地球,由于11年前的大异变,人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄取生体能源「Purana」。 另一方面,人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起来。 而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。尼克·卡西迪曾经是一名正直负责的警察,却因涉嫌盗窃4000万美元的钻石而获刑25年监禁。他唯一一个离开监狱的机会就是参加父亲葬礼,并在葬礼上趁机逃跑。然而令人不解的是,他并没有出境,而是到曼哈顿酒店开了个24楼的房间,精心擦洗一番后,只为在最繁华的纽约的注视中坠楼。他的举动很快引来了大批警察和媒体,一名年轻的谈判专家莉迪亚试图将其劝回屋内,然而在循序渐进的劝说中,莉迪亚意识到尼克是被钻石的拥有者大卫陷害入狱的,目的则是为了高额保险金。然而更令莉迪亚想不到的是,尼克的自杀只是一个声东击西的幌子,他的弟弟和女友正在街对面的珠宝库大楼中实施复仇计划……。